Trước đây, xã Thạnh Thới Thuận thuộc huyện Mỹ Xuyên, được thành lập vào ngày 7 tháng 7 năm 1982 trên cơ sở tách một phần diện tích và dân số của xã Thạnh Thới An.[1]

Ngày 16 tháng 9 năm 1989, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 128-HĐBT. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Thạnh Thới Bình vào xã Thạnh Thới Thuận.

Ngày 23 tháng 12 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 64/NQ-CP[4]. Theo đó, chuyển xã Thạnh Thới An về huyện Trần Đề mới thành lập.